Het deel van de watersysteemheffing dat wordt geheven op natuurterreinen. Deze heffing wordt uitsluitend opgelegd aan de bezitters van natuurterreinen. Maatstaf voor de heffing is het aantal hectare natuurgrond in bezit. Grond wordt aangemerkt als natuurterrein indien de inrichting en het beheer geheel of nagenoeg geheel en duurzaam zijn afgestemd op het behoud of de ontwikkeling van natuur. De heffing die is opgelegd om de kosten te dekken die zijn verbonden aan het beheer en het onderhoud van wegen, is ingeteld bij de watersysteemheffing (indien van toepassing). Niet alle waterschappen leggen deze heffing op en daarnaast hebben niet alle waterschappen wegen in beheer.